Media massa Turki memaparkan masjid Rushd-Goethe sebagai sebahagian daripada gerakan Gülen. Tuntutan ini telah dinafikan oleh Ercan Karakoyun yang merupakan pengerusi asas gerakan Gülen di Jerman Stiftung Dialog und Bildung.[12] Tuntutan itu juga telah dinafikan oleh masjid itu sendiri. [13] Secara umum terdapat nada keras terhadap masjid di Turki. [14] Institusi fatwa di Mesir, sebuah gedung kuasa di dunia islam, melabel masjid sebagai serangan terhadap Islam. [15] Fatwa terhadap masjid telah diisytiharkan. [16]

Berikutan ancaman besar-besaran selepas pembukaan, pengasas masjid mengkritik ugutan besar yang dihadapi umat Islam liberal. Mereka meminta toleransi dan penghormatan berhubung bacaan al-Quran.[17] Walau bagaimanapun keselamatan peribadi bagi pengasas Seyran Ateş perlu ditingkatkan dengan ketara selepas penilaian Pejabat Polis Jenayah Negara Berlin, dengan itu meningkatkan bilangan pengawal peribadinya. Menurut Seyran Ateş, beliau menerima kira-kira seratus kematian akibat pembukaan masjid. [11]

Pihak berkuasa agama Turki dan Majlis Fatwa Mesir di Universiti Al-Azhar telah mengutuk projeknya dan dia telah menerima ancaman kematian.[18][19] Fatwa merangkumi semua masjid liberal sekarang dan masa depan.[19]

Universiti Al-Azhar menentang pembaharuan liberal Islam dan menerbitkan fatwa terhadap masjid liberal Ibn-Rushd-Goethe di Berlin kerana ia mengharamkan tudung muka seperti burqa dan niqab di premisnya sambil membenarkan wanita dan lelaki berdoa bersama dan menerima homoseksual.[1]